Cerrahi:Rektal kanserde esas olarak 2 tip cerrahi uygulanır. Eğer tümör çok alt seviyelerdeyse ve kanser ve çevre dokuların çıkartılmasından sonra bağırsağın devamlılığı sağlanamıyorsa, bağırsak ağzı, dışarı açılır (kolostomi) ve dışkılamanın toplanması için bir torba kullanılır. Bu durumda hasta yaşamını bu torbayla sürdürmek durumundadır. Günümüzdeki teknik gelişmelerle bu torbaların, bakımı giderek kolaylaşmaktadır.

Cerrahi öncesi, radyoterapi (ışın tedavisi) uygulanarak tümörün küçültülmesi suretiyle, torbaya gerek kalmama olasılığı arttırılabilmektedir.

İkinci ameliyat yönteminde ise, tümör ve çevre doku çıkartıldıktan sonra bağırsağın devamlılığını sağlayacak şekilde, geride kalan bağırsak uçlarının birbirine dikilmesi (anastomoz) mümkündür. Bu durumda torbaya gerek kalmadan dışkılamanın normal yoldan sürdürülmesi sağlanmış olur. (Bazı durumlarda, anastomoz hattnı,  iyileşene kadar korumak için, cerrah geçici olarak üst kısmı ciltle ağızlaştırır. Bu durumda hasta bir süre bu torbayı kullanır (1 ay kadar), anastomoz hattı iyileştikten sonra bu ağız kapatılır ve hasta normal yoldan dışkılamaya başlar).

Radyoterapi (ışın tedavisi):

Radyoterapi, özellikle son yıllarda gelişen yüksek teknolojik aygıtlar sayesinde rektal kanserdeki önemini son derece arttırmıştır.

Özellikle  2. ve 3.  evre tümörlerde, standart olarak cerrahi öncesi uygulanmalıdır. Böylelikle, tümör küçültülüp hatta tamamen yok edilerek ameliyatın çok daha kolaylaşması sağlanabilmektedir.

Son yıllardaki teknolojik gelişmelerle ve deneyimli ellerde çok düşük yan etki riskleriyle mükemmele yakın sonuçlar verebilmektedir. Çünkü modern tedavi aygıtlarıyla ışınlar yalnızca hastalık açısından en riskli bölgelerde yoğunlaştırılabilmekte hastalıksız normal doku ve organlarsa en iyi şekilde korunabilmektedir.

Ama, unutulmaması gereken, en modern tedavi yöntemlerinin bile ancak deneyim ve ustalıkla birleştiğinde doğru sonuç verebildiği, deneyimsiz ellerde ise aksine son derece zararlı olabileceğidir.

Rektal kanserlerde radyoterapinin etkinliği birlikte uygulanan kemoterapi (ilaç tedavisi) ile belirgin olarak artmaktadır. Bu yüzden haftalık kemoterapilerle birlikte uygulanmaktadır. Bu kemoterapilerde genellikle rahat tolere edilen ve örneğin saç dökülmesi bile yapmayan nisbeten masum denilebilecek ilaçlar kullanılmaktadır.